
Yosemite + iTunes 12 になった頃から、iTunes で iPhone や iPad を Mac と同期していると、途中で「iPhone がコンピュータから取り外されたため、iPhone”xxx”をバックアップできませんでした。」というエラーが頻発して、運が良ければ 1台だけ同期できるけど、2台目からはやっぱりエラーになり同期できないと言う状態が続いていました。
普段は Wi-Fi 経由で同期していますが、エラーが出るので Lightning ケーブルでつないで同期してみましたが、やっぱり「iPhone がコンピュータから取り外されたため〜」と言って怒られます。もちろん外していません。身に覚えのないお叱りを受け続けていました。
ずっとバックアップができていなくていい加減、怖くなったので一念発起した次第です。
iTunesHelper.app を手動で起動
iTunesHelper.app と言うのは、iPhone や iPad が Mac に繋がるのを監視しているらしいのですが。iTunes 11 までは勝手にログイン項目に登録されて、削除しても復活していたのに、iTunes 12 になったらログイン項目にいなくなっていました。
また、iTunes を起動すると一緒に iTunesHelper.app も起動していたと思うんですけど、起動していませんでした。
そこで試しに、iTunesHelper.app を手動で起動したら無事同期できました。
iTunesHelper.app の場所
iTunesHelper.app は
「 /Applications/iTunes.app/Contents/MacOS/iTunesHelper.app 」
にあります。

iTunes を右クリックして「パッケージの内容を表示」と言うメニューから iTunes の内容物を表示します。

そして「 Contents > MacOS 」とフォルダを開いてゆくと iTunesHelper.app があります。
こいつをダブルクリックすると、iTunesHelper.app を起動することができます。
iTunesHelper.app をログイン項目に追加
iTunesHelper.app を起動してから同期すると成功するんですけど、1度同期に成功するとその後はアクティビティモニタから iTunesHelper.app を終了しても問題なく同期できます。しかし何故か、Mac を再起動した後など iTunesHelper.app を起動せずに同期すると、必ず失敗して例のエラーメッセージが出ます。しかもたちが悪いことに、1度失敗するとその後 iTunesHelper.app を起動してから同期しても失敗し続けて、Mac を再起動するまで延々と失敗します。まれに機嫌が治って成功する時もありますが、謎です。
再起動すると直るので、何か原因がありそうですが、面倒なので手動で iTunesHelper.app をログイン項目に追加しました。

ログイン項目にアプリをドラッグ & ドロップすると、追加することができます。
今回は、iTunes を「パッケージの内容を表示」で開いて「 Contents > MacOS 」にある「iTunesHelper.app」をログイン項目にドラッグ & ドロップすることで追加します。
自動で iTunes を起動しない設定
ちなみに、iPhone を Mac で充電していて USB で接続する度に iTunes が起動するのは鬱陶しいと言う場合も、iTunes の設定で起動しないようにしてあれば、iTunesHelper.app をログイン項目に追加しても自動で起動することはありませんので、ご安心を。

iTunes の環境設定の「デバイス」で「iPod、iPhone、および iPad を自動的に同期しない」にチェックを入れる。
これで、iTunes が自動で起動しなくなります。

個別に設定する場合は、上記の設定でチェックを外した上で、除外したい iPhone などの同期設定で概要にあるオプションで「この iPhone を接続しているときに自動的に同期」のチェックを外します。
こちらは、複数の iOS デバイスがある場合は個別に設定する必要があります。
まとめ
本来、iTunesHelper.app は同期そのものとは関係ないと思うんですけど。iTunesHelper.app が手助けしてくれるみたいです。
そんなわけでこれはただの回避策です。何か根本的な問題が潜んでいそうですが。これは Yosemite + iTunes 12 になってからの症状なので、ただの軽微な不具合でアップデートなどで解消される問題かもしれません。ちょっと気持ちが悪いけど、これで実用上の問題は無いのでしばらく様子を見てみようと思います。
追記 : バックアップが原因でエラーになっている場合の対処法もメモしました。
「iPhone がコンピュータから取り外されたため、iPhone”xxx”をバックアップできませんでした。」というエラーの対処法